Tijdens de Tachtigjarige Oorlog in 1573 vond het beleg van Alkmaar plaats, waarbij de Spaanse legeraanvoerder Don Frederik zijn hoofdkwartier in Oudorp vestigde. Ook het merendeel van zijn leger werd daar gehuisvest. Na het ontzet op 8 oktober en het vertrek van de Spanjaarden, verwoesten de Geuzen Oudorp. Enkele jaren later werd het dorp herbouwd met ditmaal de nadruk op het noordelijke deel.

Het graven van de Nieuwe Vaart in 1625 had belangrijke consequenties voor Oudorp. De waterhuishouding van Oudorp en omstreken veranderde radicaal en de vaart werd een belangrijke vervoersader voor Alkmaar en omgeving.

Het dorp bleef daarna een kleine landelijke gemeente, tot het in de twintigste eeuw  in de vaart der volkeren werd opgestuwd. Het werd een gemeente waarin naar verhouding grote uitbreidingen plaatsvonden om de groei van, voornamelijk, de bevolking van buurgemeente  Alkmaar op te vangen.

Dat leidde, na meerdere vergeefse pogingen, waarbij de oudorpers hevig zich verzetten, uiteindelijk in 1972 tot annexatie door de stad Alkmaar.